I vari istituti universitari, poi dipartimenti, che si occupano di storia, fondano, al proprio interno, biblioteche specialistiche, assecondando il bisogno dei docenti di aggiornamento scientifico e di materiale didattico per i propri studenti.
La biblioteca di Archeologia Bologna, quella di Discipline Storiche, Antropologiche e Geografiche (oggi Scienze del Moderno), e quella di Paleografia e Medievistica si trasferiscono, con i rispettivi Dipartimenti, nel complesso di San Giovanni in Monte.
La biblioteca di Geografia trova collocazione in via Guerrazzi 20 nella sede del Collegio dei Fiamminghi.
Nel 2012 avviene una significativa trasformazione istituzionale con la nascita del nuovo Dipartimento di Storia, Culture Civiltà (DISCI) che aggrega i dipartimenti e anche le biblioteche di:
Archeologia (con le due sedi di Bologna e Ravenna)
Discipline Storiche, Antropologiche e Geografiche
Paleografia e Medievistica
Storia Antica
Studi Linguistici e Orientali
La Biblioteca del DISCI viene centralizzata e assume l'intitolazione di "Biblioteca di Storia Culture Civiltà". Attualmente afferisce all'Area del Patrimonio Culturale (ARPAC).